Os alunos de doutorado do HFA têm a oportunidade de se beneficiar da riqueza de experiência e do excelente conhecimento de seu orientador, ao mesmo tempo em que constroem uma rede de pesquisa. É possível fazer um doutorado. em diversas disciplinas relacionadas a STEM de acordo com sua formação acadêmica anterior, como engenharia, informática, ciências naturais/matemática e psicologia/medicina. Ph.D. os alunos da Hector Fellow Academy são contratados como assistentes de pesquisa por um período de três anos. O salário corresponde ao regulamento interno da Universidade do respectivo Hector Fellow.

Durante a fase de pesquisa, os alunos se concentram na pesquisa científica para seu doutorado. projeto que é conduzido dentro de um grupo de pesquisa liderado e supervisionado por um bolsista do MPSP. Os alunos também recebem um co-supervisor, idealmente localizado em outra universidade.