O programa de Doutoramento em Ciências da Vida Molecular (DMLS) contribui para Khalifa Universityo desejo de se tornar um centro de excelência em ciência, engenharia e medicina dentro e fora da região. O programa apoia o alinhamento da Universidade com o plano Economic Vision 2030 de Abu Dhabi por meio do fornecimento de educação de excelência internacional e experiência estudantil em ciência, resultando em profissionais de ciência altamente qualificados capazes de transferir tecnologias de ponta em setores prioritários da indústria, negócios e governo

O grau de Doutor em Filosofia em Engenharia (Ph.D. em Engenharia) é concedido aos candidatos que concluírem com sucesso os cursos ministrados e os componentes de pesquisa do programa. Os alunos são obrigados a completar um programa de cursos avançados em engenharia.

O programa de Doutoramento em Química tem como objectivo a formação de licenciados capazes de realizar investigação autónoma em Química aos mais elevados níveis de originalidade e qualidade. O grau será atribuído a estudantes que demonstrem um conjunto de conhecimentos e competências avançadas na vanguarda da Química e que concluam uma investigação independente de um novo tema especializado com o objetivo de apresentar uma dissertação que aborde um problema de investigação de ponta.

O programa de Doutoramento em Matemática tem como objetivo a formação de licenciados capazes de realizar investigação autónoma em Matemática aos mais elevados níveis de originalidade e qualidade. O grau será atribuído a estudantes que demonstrem um conjunto de conhecimentos e competências avançadas na vanguarda da Matemática e que concluam uma investigação independente de um novo tema especializado com o objetivo de apresentar uma dissertação que aborde um problema em investigação de ponta.

O programa de Doutoramento em Ciências da Terra tem como objetivo a formação de licenciados capazes de realizar investigação independente em Ciências da Terra aos mais elevados níveis de originalidade e qualidade. O grau será atribuído a estudantes que demonstrem um conjunto de conhecimentos e competências avançadas na vanguarda das Ciências da Terra e que concluam uma investigação independente de um novo tema especializado com o objetivo de apresentar uma dissertação que aborde um problema em investigação de ponta.

O programa de Doutoramento em Física tem como objectivo a formação de licenciados capazes de conduzir investigação autónoma em Ciências Físicas aos mais elevados níveis de originalidade e qualidade. O grau será atribuído a estudantes que demonstrem um conjunto de conhecimentos e competências avançadas na vanguarda da Física e que concluam uma investigação independente de um novo tema especializado com o objetivo de apresentar uma tese que aborde um problema em investigação de ponta.